《周刊少年Sunday》于2013年11月29日发布本作手绘海报，正式公布有关《名侦探柯南》的第18部剧场版的信息。在海报中可以看到被击中的世良真纯与被瞄准，并且流泪的赤井秀一，这也是这两位主线人物首次登上剧场版。而海报上的“是他么...”和柯南紧张的表情令人浮想联翩。据悉，有一关键性的新人物将在该作中登场。

　在人类、妖怪、混沌三种势力相互并存争斗的世界里，伴随着现实总数和负熵的崩溃。从杰巴沃克的迷宫中逃离的美少女筝，在持续追寻着“黑兔”的踪影。另外还有各种各样的人们跟筝一样也在追寻着“黑兔”。在时间静止的京都这个舞台上，一场幻想动作剧即将上演。

故事发生于东京，在全球最大体育盛事WSG即将召开之际，知名企业的高官却接连在赞助商酒会现场遭到绑架，而自新名古屋站至东京的最高时速1000km的真空超导磁悬浮列车也被卷入其中，一场牵动国际目光的重大案件就此展开。

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工藤新一，帝丹高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。 知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的。