主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑衣组织的地下交易后，准备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏，并被灌下代号为“APTX4869”（アポトキシン4869）的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在好友阿笠博士的建议下，寄住在青梅竹马毛利兰的父亲－蹩脚侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭著自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

　有一天，主人公黑羽快斗得知8年前失踪的父亲——黑羽盗一就是怪盗基德，父亲的失踪与一个神秘组织有关。为了揭开父亲的死因，黑羽快斗决定继承父亲怪盗的职业和名字，成为了第二代怪盗基德，不顾生命危险，想引出杀害父亲的凶手。

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。 第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。可是，这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态，带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆，柯南等人约好了和她同行。没想到，这一切都被贝尔摩德暗中监视着……

卡内奇·古哈，幼年随家人郊游时不慎跌入河内，漂入了深山中。被住在山中的爷爷救起后，便跟随爷爷一起过着丛林生活。直到十年后，才又回到了都市，回到了家人身边。看似催人泪下的叙述，其实不过是这部动画的开头。接下来的，当然是森林小子的爆笑都市生活。 对于大多数的中国动画迷来说，这部伴随我们长大的爆笑动画森林小子可谓经典之作。这部动画改编自佐藤正创作，连载于

真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南：绯色的不在场证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中，赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”之后，安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后，赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后，都有着柯南的身影——《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家，该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。