1927年，白色恐怖笼罩中国。 中共地下党夏风和朱雷在咖啡厅秘密接头时，遭到国民党特工高扬伏击。朱雷十二岁的女儿朱美云，亲眼看见父亲死在自己面前。夏风重伤被俘，他的未婚妻、进步学生陆玫，强忍悲痛，带着朱美云匆匆逃离。十年后，上海沦为孤岛。已是中共炸弹专家的陆玫与组织失去联系，流落上海。成长为狙击手的朱美云一心为父报仇也返回了上海。两人与仇人高扬不期而遇。民族大义下，他们求同存异。爱国护士孟香兰，青帮阔少赵非以及保镖叶三，女游击队员铁妞等先后加入，一支独特的敌后抗日小队就此成立。

武汉会战前夕，八路军排长李梓牧奉命返回上海，与上官静云会合，破坏日军名为“风影”的化学武器研制计划，任务代号“追风行动”。军统派出了凌霜和唐顺之领导的特别行动队，以破坏日军计划。由于军统指挥不力，特别行动队遭受重大损失。而李梓牧也因兵力不足，无法给予敌人沉重打击。为了胜利完成任务，李梓牧说服了凌霜和唐顺之，抛开政见的不同，联合进行作战。李梓牧等人与田中信一为首的侵略者，展开了一系列生死搏斗，唐顺之、上官静云等人在战斗中壮烈牺牲。最终，李梓牧和凌霜在浙东游击队和上海各界人士的帮助下，击毙了田中信一，摧毁了日军的“风影计划”。通过与李梓牧等共产党人的接触，凌霜认识到唯有共产党领导的全民族抗战，才是中国赢得这场战争胜利的希望，凌霜毅然选择加入了共产党的队伍，与李梓牧一起为抗击日寇继续战斗。

本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。

1932年，从东北流亡到上海的爱国青年纳兰东，召集了余夏、曲枫、程诺、爱迪生等人组成了民间抗日特战队，在残酷的环境下与日军深谷大佐等人展开了周旋，力图截获日军军部制定的《武装租界日侨计划》。在此过程中，有一个代号为“雅典娜女神”的复仇者若隐若现的出现在特战队的行动中。特战队与琉璃子在一次次获取计划的行动中结下了深厚的友谊，并共同与日本侵略者展开了殊死较量。上海的地下党董重阳和方洁暗中注意到了特战队与琉璃子的行为，积极引导他们成为党的外围组织。董重阳牺牲之后，纳兰东坚定地提出入党申请。此后，纳兰东在最艰苦的环境下深入敌后，瓦解了深谷大佐的多次行动计划，成长为一名坚定的共产党员。

民国初，山东济南武林高手“燕子李三”被官府斩杀。李三师弟李显隐退江湖，将绝世轻功传与徒弟李云飞、李云馨、李云龙。十年后李显师徒回到济南，与日本武士对决抗争，名声大振.百姓称，燕子李三回来了。抗战时期，李显师徒投入到全民抗战的洪流中。大徒弟李云飞体会到，凭借武林气节，单打独斗，不可能真正救国，毅然加入抗战。