偶遇到神秘少年“海”（石桥阳彩配）和“空”（浦上晟周配）的这个炎炎夏天，是琉花（芦田爱菜配）暑期的正式开始。天真无邪的“海”，看透一切的“空”，海洋馆里发光的鱼群，对琉花来说都像是一场浪漫的约定如期而至。

真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南：绯色的不在场证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中，赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”之后，安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后，赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后，都有着柯南的身影——《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家，该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。

正义感十足的新人检察官冲野启一郎（二宫和也 饰）十分敬仰当初的导师最上毅（木村拓哉 饰）。经过数年的历练，冲野终于如愿以偿调到东京地方检察厅刑警部，与成为最上麾下的一名得力干将。与此同时，橘沙穗（吉高由里子 饰）也加入刑警部，成为冲野的事务官，但她真正的身份是卧底，其目的是获取检察官为了争取顶罪而使用非常乃至违法手段的铁证。不久后，一起夫妇谋杀事件将犯罪嫌疑人松仓重生（酒向芳 饰）带到冲野面前。松仓是23年前一起花季少女杀人案的嫌疑人，但因缺乏证据无法将其定罪，此案最终过了追诉期。愤恨不已的最上执拗地要将松仓绳之於法，为此他不惜授意冲野拼尽全力朝着预设的方向推进。人性当前，谁也无法保持100%的正义。 本片根据雫井脩介2013年发表的同名小说改编。

位于东京都葛饰区的一座公寓内，一具高度腐烂的尸体被人发现。经警方初步查明，死者是来自滋贺县的押谷道子，她的死亡实属他杀。警视厅搜查一课刑警松宫调查发现，押谷此次上都是为了拜访并观看学生时代的好友浅居博美的舞台剧的。虽然浅居有充分的不在场证明，不过她和加贺恭一郎的合影依然引起松宫的注意。与此同时，在道子遇害公寓的附近，一具焚烧后的尸体被人发现。现场的一件遗物令加贺激动万分，因为这与他多年未曾谋面的母亲有着千丝万缕的关系。两起案件，以及失踪的人，将浅居和加贺再度连接在一起……

因丈夫在外和情人有了孩子，婚后多年未能生育的百合子（永作博美 饰）在提交了离婚申请书后，只身落寞返回故乡。此前不久，她的继母乙美刚刚过世，失去妻子周到照顾的老父亲热田良平（石桥莲司 饰）凄凉内疚。乙美生前曾照顾许多内心有各种障碍的孩子，绰号小芋的女孩井本幸惠（二阶堂富美 饰）正是其中一员。她此前受乙美所托，开心满怀地来到热田家，找到乙美生前制作的漫画笔记，要给逝者办一场热热闹闹的七七聚会。小芋和巴西人后代春乃助（冈田将生 饰）相继到来，令这对沉浸在悲伤气氛中的父女慢慢振作起来。他们回忆着乙美生前的点点滴滴，在逝者最后的悉心关怀下，朝着幸福的明天迈进……