- 战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来,与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中,真嗣得知自己已沉睡14年,但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时,战舰受到EVA的袭击,陆地上,明日香找到真嗣的控制舱,舱内的真嗣再度进入自闭状态,明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现,于是三人一起走向远方。
- 故事的舞台是离今稍微远点的未来。 世界上正流行这一种感染后在60天之内就会石化,死亡率高达100%的奇病“美杜莎”。为了在未来寻求这种在全世界爆发的不治之症的治疗方法,于是决定将Cold sleep(冷冻睡眠,简称CS,是指将人体保存在低温状态让人保持沉睡的状态,防止人的身体随着时间老化的一种方法。多见于SF作品之中。)投入实用了。少女霞从众多的人中脱颖而出成为了世界上仅有的160个拥有CS资格的人。他们在苏格兰的古城中制造出来的Cold sleep capsule center(冷冻睡眠胶囊中心,简称CSCC,如字面上的意思进行冷冻睡眠的地方。)中进入了不知道何时才会醒来的长眠。霞想着肯定再也无法与和自己同样感染了“美杜莎”却没有被选上的双胞胎姐姐见面了,眼泪不禁的流落了下来……