故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中。另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一 配音）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。

终极一战，银河之巅！

存在于分为13个自治区的王国中的，巨大统一组织“ACCA”。由于过去的政变危机而结成的ACCA，已持续守护了国民的和平百年之久。ACCA本部监察课副课长吉恩·奥塔斯，是个有着“蹭烟的吉恩”这一绰号的、组织里头号难对付的男人。 他一边漫不经心地抽着烟，一边走遍13区进行对不法行为的视察。 盯上这样的吉恩的视线、危险的传闻以及——点心时间。吉恩的和平日常，慢慢被卷入世界的阴谋！讲述TV动画剧情1年之后的有关于吉恩等人的后日谈故事。

生活在诹访原市的及其普通的学生藤井莲，和亲友游佐司狼互殴决斗后，绝交。其后仍然与青梅竹马绫濑香纯和学姐冰室玲爱一起过着学园生活。但他所居住的诹访原市开始出现无差别断头杀人事件。并且奇怪的是，莲这时开始做起自己在断头台上被斩首的噩梦。而这对他来说，只是充满恐惧和痛苦的战争的前兆。日常生活被颠覆。暗处超常人群在暗暗行动。城市成为战场，超乎寻常的事情向莲袭来。面对不战斗就无法生存的现实，他是否能夺回自己平凡的生活呢？

舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音，同时城市被红雾覆盖。而且，听到这声音的，不论动物还是人类，全都失去了意识。随着首都机能的麻痹，政府暂时将首都机能移往大阪，并预测这一现象为实体不明的病毒，出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后，失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了。之后，封锁都市·东京逐渐取回了城市机能，但以这一天为分界线，各种各样的“异常事件”开始发生，人们开始接连被更进一步的非日常所侵蚀。在此之中，还存在着解放了隐藏在血中的力量、觉醒为“英血之器”的年轻人们——他们被彼此的力量所吸引，不容拒绝地相遇，心灵相通，互相杀害，逐渐被残酷的命运连环所吞噬。