魔法使芙莉莲与勇者辛美尔等人在长达10年的冒险中打败了魔王，给世界带来了和平。作为一个活了一千多年的精灵，芙莉莲约定将与辛美尔等人再会，自己则先独自旅行。五十年后，芙莉莲拜访了辛美尔，但辛美尔已经老了，生命已所剩无几。之后，芙莉莲目睹了辛美尔的死亡，她也猛地意识到自己从未“了解人类，并后悔不已，因此她踏上了为了了解人类而进行的旅途。在那段旅途中，她遇见了各种各样的人，经历了各种各样的事……

在上大学二年级的小泽晴香为了帮助一个说自己“被灵附身了”的朋友，敲开来电影研究会的门。在那等着她的是传闻中拥有灵能力的齐藤八云。八云是一个看起来没有生气头发乱糟糟，仿佛将自己的心灵封闭起来了的青年，但是他的左眼却非常的惹眼，是血红的瞳色……晴香刚开始的时候也只是半信半疑。但是在八云把在晴香年幼时死亡的双胞胎姐姐的话传达给晴香之后，便彻底相信了他的力量。之后两个人活跃在学校之内，将学校内发生的各种各样恐怖事件的真相给揭开了。但是那只不过仅仅是续章而已……

住在不知天空为何物的村庄“基哈”的少年“西蒙”在开垦村庄时，偶然挖掘到一块闪耀着神秘光芒的晶体。在那之后，巨大的机器人从天井中冲入，对村庄进行大肆地破坏，西蒙与大哥卡米那以及从地面来的少女优子一起，与巨大的机器人展开了殊死的战斗。

舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音，同时城市被红雾覆盖。而且，听到这声音的，不论动物还是人类，全都失去了意识。随着首都机能的麻痹，政府暂时将首都机能移往大阪，并预测这一现象为实体不明的病毒，出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后，失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了。之后，封锁都市·东京逐渐取回了城市机能，但以这一天为分界线，各种各样的“异常事件”开始发生，人们开始接连被更进一步的非日常所侵蚀。在此之中，还存在着解放了隐藏在血中的力量、觉醒为“英血之器”的年轻人们——他们被彼此的力量所吸引，不容拒绝地相遇，心灵相通，互相杀害，逐渐被残酷的命运连环所吞噬。

U.C.0079年.3月。 天空中突然降下无数的飞行物。 并且，飞行物也带来了战斗兵器的袭击。 第1次面对巨大的「机动战士」地球联邦的反抗是那么的无力。 地球的势力图也由于吉翁公国的强大地面压制，被很大地改写。 那时，联邦军对抗机动战士的兵器，只有61式坦克，并且，对抗MS的武器也就只有"Regina"重诱导弹。 U.C.0079年.4月。 在面对吉翁军的攻势不得已撤退的联邦军中，对抗MS最拿手的技术兵排指挥官兼第1分队长-巴伯利中尉接到命令，要求重新组织起抵抗MS的战线。