飞鸿(李连杰)与十三姨(关之琳)、梁宽(莫少聪)在广州遇到白莲教徒借「扶清灭洋」口号，捣乱使馆、教堂等洋人地盘也不放过，原来是大臣纳兰元述(甄子丹)包庇用来对付革命党。黄在一医学会议中，与革命领袖孙文(张铁林饰)一见如故，发觉他们对救国更具远见，决助他们一把逃过卮运。黄飞鸿有感时势逆转，遂直捣白莲教总坛，决胜九宫真人(熊欣欣)，藉此拨开迷信假象。黄飞鸿又奋慨智末开，国运的衰竭，不惜投身与元述...

在明末时期，大太监魏忠贤弄权篡权，肆意剪除异已。携恋人私奔的唐保家被抓，被迫做杀人者，因表现出色，很得魏忠贤赏识。但当他在一偶然机会与昔日恋人相遇，良心醒悟，幡然图新，发誓不再做杀人者……但是最终他还是深入虎穴除掉了祸国秧民的魏忠贤

八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿与父亲黄麒英、十四姨、徒弟梁宽、鬼脚七一行人南下番禹，欲与十三姨、猪肉荣、牙擦苏汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀……

八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。

马如龙（郑丹瑞）为重案组督察，巧遇暗恋多年之Julia（关芝琳）往旧同学叙会，席间众同学均各有所成，尤其是马友友（梁家辉）已贵为助理测量司，而且还是Julia的上司，令龙妒忌万分。友返回家，不幸为冷面杀手Peter（黎彼得）所杀，家中牲口一件不留，Julia目睹过程，但逃脱。重案组接手此案，上司鲍鱼刷怀疑友之死因与批地收黑钱有关，遂委派龙入地政处当卧底，担任友生前之职位，而龙之死对头同事石津（李子雄）则负责保护Julia，石津为人正义，办案神勇，过份认真，往往把龙显得相形见拙，而天意爱弄人，石却喜欢龙之妹马如风（陈慧仪）……