战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时，战舰受到EVA的袭击，陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。

身为名钢琴家之子的优秀音乐大学生千秋真一。想要赴欧学习指挥，却因为飞机恐惧症而一直无法出国。某天，不可思议的女子野田惠，突然出现在他面前，住在垃圾房里的她，是个无可救药的怪人？这女子的出现会对真一有什么影响呢？

故事的舞台是离今稍微远点的未来。 　　世界上正流行这一种感染后在60天之内就会石化，死亡率高达100%的奇病“美杜莎”。为了在未来寻求这种在全世界爆发的不治之症的治疗方法，于是决定将Cold sleep（冷冻睡眠，简称CS，是指将人体保存在低温状态让人保持沉睡的状态，防止人的身体随着时间老化的一种方法。多见于SF作品之中。）投入实用了。少女霞从众多的人中脱颖而出成为了世界上仅有的160个拥有CS资格的人。他们在苏格兰的古城中制造出来的Cold sleep capsule center（冷冻睡眠胶囊中心，简称CSCC，如字面上的意思进行冷冻睡眠的地方。）中进入了不知道何时才会醒来的长眠。霞想着肯定再也无法与和自己同样感染了“美杜莎”却没有被选上的双胞胎姐姐见面了，眼泪不禁的流落了下来……

能看见妖怪的少年“四月一日君寻”进入了别名为次元的魔女并自称为“壹原侑子”所拥有的能够实现任何愿望的店。而当时四月一日正为自己能够看见妖怪而烦恼，而侑子说只要四月一日能付出对等的代价，就可以帮助四月一日实现 “可以让你看不见妖怪，而且，让妖怪不受你的血所吸引”的愿望。因此，四月一日答应侑子的条件，而侑子就开出让四月一日在其店中打工作为代价，而实现其愿望。而故事就是围绕四月一日在侑子的店中所遇到的怪异事件……

舞台是大半被树木之类的自然界环绕的世界。那里住着外观与人类没有什么两样，却有着野兽一样耳朵和尾巴，被称为亚人类的人种——故事从住在边境村落的艾露露救了身受重伤倒在地上的带面具的青年开始。青年幸运地活了下来，却失去了之前的记忆。艾露露的祖母图斯库尔给他取名为“哈克奥罗”。这次的相遇将他们引向离奇的命运……