这一次，小智因为抽中了大奖而来到了阿罗拉地区旅行，在旅途中他遇到了全新的精灵宝可梦和全新的伙伴，大家一起开启了崭新的冒险。

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本不会想到随着那名神秘女子记忆的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

心中怀着新的理想告别了同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯，在卡洛斯与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉和新的宝可梦相遇。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问铃木次郎吉一骑绝尘，以三亿美元的天价将画作收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木次郎吉宣布他已联系世界各地的向日葵收藏家，让他们同意将分散在世界各地的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎、展览企划负责人圭子•安德森、画作鉴定师宫台夏美等七位专家组成“七武士”团队为展览保驾护航。谁知怪盗基德从一开始便锁定了该画作，他不仅大闹会场，还为了抢夺画作而险些炸毁了运送专机。 随着画展日期的临近，江户川柯南与伙伴们必须尽快越过一座座难以想象的险峰，找出在暗地里策划阴谋的犯人。

精灵宝可梦”（台译“神奇宝贝”）是生活在这个星球上的不可思议的生物。立志成为精灵宝可梦大师的小智和皮卡丘一起踏上了冒险的旅途。在全新的冒险舞台——“合众地区”（台译“合众地方”），小智和皮卡丘邂逅了新的伙伴艾莉丝、天桐。他们为了追寻各自的梦想，与各种各样的精灵宝可梦一起，即将展开一场令人期待的冒险旅程。