樱木花道，湘北高校一年级生。在初中有被50个女生连续抛弃的历史。因第50个女生的一句“我喜欢的是篮球队的小田同学。”而对篮球深恶痛绝。上高中不经意被美少女赤木晴子的一句：“你喜欢篮球吗？”又燃起希望。为得到晴子的芳心，花道不顾一切的加入篮球队，并以惊人的速度进步。

番王、海霸、华老大是庙街的暴徒，专门贩卖人口，为利益之争，海霸被自己人阿杨谋害，死于非命，并遗下二女罗莉及小兰。后来小兰被番王掳走，卖去妓院，并遇上为了做论文而去妓院做研究的蓓妮(十三妹)，罗莉欲救小兰，但不果，却被蓓莉所救，罗莉后来找秦武一起对付番王，营救小兰，另一方面，蓓莉也为了救小兰而身受重伤，结果罗莉二人，一起将番王击退，救出小兰，而蓓莉亦终于完成了论文，顿悟 “灵与欲”的道理。

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。 第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。可是，这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态，带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆，柯南等人约好了和她同行。没想到，这一切都被贝尔摩德暗中监视着……

画巨匠阿岛文哉去世一周年之际，相关单位筹划出版阿岛的作品全集，结果意外发现了一份从未发表过的手稿。该手稿讲述了一位漫画家为了寻找创作灵感，不惜杀害年轻女性的可怕故事。令相关人士担忧的是，该故事竟与35年前悬而未决的连环杀人案手法极其相像。为了调查手稿背后的真相，版权调查员水野优希接受委托展开行动，并且辗转找到了不得意的天才漫画编剧醍醐真司帮忙鉴定原稿。业内知识极其丰富的醍醐当下断言该手稿绝非阿岛所作，同时他无法原谅有人盗用阿岛的画风做下伤天害理的事情，于是积极与水野奔走，搜寻那个也许还逍遥法外的真凶。

刑侦队发生了意外事故导致队长死亡和两名警员受伤，为充实力量将方欣从扫毒组调到刑侦队，协助代理队长戴强工作，谁知接二连三发生了几起凶杀案。 　　戴强在调查中发现几起死亡案件当事人均与某制药公司有关联，而该公司董事长方其东竟然是方欣的父亲，方欣希望能替父亲解脱困境，遂全力协助戴强工作。 　　一次方欣无意中看见戴强养着一只电子宠物，这让方欣对表面冷漠无情的戴强有了新的认识，在日后的共同办案中两人日渐默契，方欣对戴强产生出一种莫明的情愫。 　　表面上沉稳儒雅的方其东年轻时从事科学研究工作，性格孤傲而偏激，曾因知妻子有外遇将对方失手打死，几十年里，他一直生活在自责与痛苦中，这个秘密也只有张琳的妹妹知道。方其东因此变故放弃了科学追求改投商海，不料大获成功。 　　方其东事业的成功引起了某势力集团的垂涎，命李枚施美人计接近方其东并伺机窃取了药方。最终，他杀死了深爱着自己的李枚，方其东疯了。