在类似近现代的架空国度，8月1日这天早上，醒来的女主人公，发现自己失去了所有记忆。突然出现在女主人公面前的精灵，来到人类世界的过程中与主角的意询冲突被困在女主人公心中，要如何取回自己的记忆呢？而手机上传的短信显示着似乎应该是恋人的名字，接下来该何去何从呢？

本作是以解谜为题材的原创动画，Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公Kaito作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。 热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大門Kaito，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的Kaito漂亮地攻克了贤者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是Kaito与青梅竹马的少女Nonoha以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。

　身为日本少年代表队的王牌、背号10号的哥哥杰，与虽然只能当球队经理、却无法停止对足球热爱的弟弟驱！兄弟两人对足球的热情，将创造新的历史！那一天的早晨天气晴朗…… 好久没有两人共骑一部脚踏车的阿杰与阿驱，互相倾吐著各自对足球的想法。就在兄弟两人的心愈来愈靠近的时候，突然……意外发生了！

战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时，战舰受到EVA的袭击，陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。

　在人类、妖怪、混沌三种势力相互并存争斗的世界里，伴随着现实总数和负熵的崩溃。从杰巴沃克的迷宫中逃离的美少女筝，在持续追寻着“黑兔”的踪影。另外还有各种各样的人们跟筝一样也在追寻着“黑兔”。在时间静止的京都这个舞台上，一场幻想动作剧即将上演。