十六年前，东州市刑警夏辉带领赵海洋与方程两人在追捕灭门案凶手时，因赵海洋的异常举动引起了歹徒的警觉，歹徒利用炸弹逃脱，夏辉牺牲。十六年后，赵海洋怀着对自己当年的后悔和对犯罪分子的痛恨，一路破案立功成长为东州市公安局副局长。方程则走上了技术岗位，研发出多项科技成果。东州市近年来面临新型犯罪模式的挑战，这让经验丰富的赵海洋倍感压力。他同为警察的妻子安萍在处理一起犯罪案件时发生意外，同事不幸牺牲，安萍因此被下放至派出所。在赵海洋面对这些新型犯罪手法束手无策之际，方程利用新的刑侦技术手段为赵海洋解决了众多难题。智能交通、合成侦查中心、网格化建设让犯罪分子无处遁形，反诈中心让诈骗分子无从下手，环食药支队建立，让老百姓吃的更放心。而警务改革工作也如春风化雨一般逐步展开，初见成效。然而，在改革顺利推进之际，十六年前的灭门案凶手再次浮出水面。赵海洋与方程携手，决心将真凶绳之以法。但在深入侦查的过程中，他们发现背后似乎有一股强大的势力在暗中阻挠案件的进展，而所有线索竟然都指向了他。

该剧讲述的是大唐宪宗，永贞元年。朝中阉宦俱公公权倾朝野，无恶不作。前朝木相国手里的一封奏折，是指证他作奸犯科的铁证。为了拿到这份“铁证” ，当年朝中五位侍郎被俱公公一一陷害惨死。木相国的女儿木芙蓉，为了反抗继母秦氏的逼婚和压迫，不惜跳下绣楼，千钧一发之际她被夜行侠所救。夜行侠专门惩治贪官污吏，他的目的似乎是冲着当年五位侍郎惨案而来，他早已成为俱公公通缉的对象。俱公公发现木芙蓉和夜行侠有所关联，便把矛头指向了木芙蓉。木芙蓉身处险境，夜行侠对她出手相救却身受重伤，两人因共患难产生了爱情。俱公公看出两人之间的感情，为了抓住夜行侠，逼迫木芙蓉和秦阙大婚。夜行侠不惧危险及时赶到，他和俱公公展开了生死对决。最终俱公公伏诛，夜行侠和木芙蓉幸福牵手，互定终生。

为了抗日，黑仔不计前谦，在越境返回宝安时将流落香港穷困潦倒的猫哥带回，却发现戴在初与人秘密联络，遂生疑。在他审问戴在初时，遭敌包围，万分危急时刻，权哥率东江纵队游击队赶到，打退了日军。一番深谈，黑仔得知权哥和戴在初的真实身份，要求加入东江纵队港九大队。于是被任命为港九大队短枪队队长，戴为指导员。在权哥统一指挥下开展游击战，接连重创日军。然而，问题也接连发生，猫哥本性不改，为敛财敲诈安家并放火烧房；

1943年秋，日伪苏城清乡总指挥李世林因侵吞军饷败露，被日军毒杀。李的亲信秘书戴遂昌侥幸躲过捕杀，逃跑途中被我新四军武工队在我湖山根据地擒获。由于戴遂昌掌握了日军在苏城地区的军事部署和日伪与国民党顽固派暗中勾结的证据，军分区命令我湖山县委务必保证戴的安全，三天后派部队来转移戴遂昌。日军苏城宪兵司令部派出秘密行动组潜入湖山追捕戴遂昌；国民党顽固派恐其与日伪勾结的阴谋败露，秘令苏城特派员顾维民全力营救戴遂昌，营救不成则秘密除掉；而潜伏在湖山的日伪内奸也受命启动。我湖山县委保卫科长沈英杰受命保护戴遂昌，他和他的战友在三天中与日军、国民党顽固派和潜伏的日伪内奸展开了一系列惊心动魄的搏杀，最终完成了任务。

边境上，一场成功在望的抓捕行动意外失败，造成警方卧底大发牺牲。大发牺牲前发回的情报显示，境外蓝花社毒贩集团正在把中国边境当成通道，实施一次亚洲历史上最大数量的海洛因交易。罗山公安局局长方国安高度重视这个情报。在筹划新行动的中间，却发现越来越多的证据证明禁毒大队代理大队长叶春生就是毒贩安插的内鬼，面对铁证，方国安下令密捕叶春生。叶春生得悉事已败露，慌忙出逃，突破警方层层围捕，越境出逃。