1944年，在苍茫的大海上，一艘装满中国战俘和劳工的货运船开往日本。在这些中国的战俘和劳工中，有以周尚文为首的国民党军队战俘；以萧汉生为首的八路军战俘；以及以刘家正为中心的普通劳工。这些战俘和劳工不明不白地被带到了一个叫做仓津岛的日本小岛上。在仓津岛上，日军为了防备可能会在日本本土发生的决战，极为保密地进行着军事防御工事的建设。为了建设这个军事防御工事，许多中国的战俘和劳工每天被迫承受着沉重的体力劳动，他们忍饥挨饿，饱尝日本兵屈辱的折磨。如若想逃跑，唯一的出路就是被残酷的杀掉。在这样残酷而惨无人道的环境中，战俘和劳工们仍期盼着回家的日子。 　　劳工营总监冈田曾向战俘和劳工们保证：这是一个巨大的仓库重地，只要你们如期完成，就可以送你们回国。周尚文分析了眼前的情况，认为当前最好的办法是听从冈田的要求，尽快完成工程建设。能够活着回到自己的祖国是周尚文最大的愿望，因此，他告诫他的部下，不要反抗日本人，好好劳动，争取早日回家。萧汉生和曾是国民党间谍的夏明远很快意识到此项工程是日本军队重要的军事防御工事。为了阻止此项工程的建设，他们不断地偷偷组织自己的部下，想尽各种办法破坏工程建设和寻找逃跑的机会。

在实现世界性非武装化的2007年，如超古代文明人幽怜所预言:二大怪兽“哥尔赞”及“美尔巴”出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了三座巨大的石像。其中两座巨像被怪兽摧毁了。在这紧要关头，有着超古代人遗传因子，属于地球和平联合特搜队(TPC) GUTS分队的大古队员全身被光所包围，并融身于剩下的一座巨像内——迪迦奥特曼在“现代”复活了! 这部动画是为了纪念“奥特曼”诞生30周年而拍的新作。在这部作品中，迪迦和以往的“奥特曼”不同，为了对付强敌，可进行三种变身。此外，和“迪迦”一起担负保卫地球任务的 GUTS队员们，人人个性鲜明，个个生动形象，这也是本作品的魅力之一。