在实现世界性非武装化的2007年，如超古代文明人幽怜所预言:二大怪兽“哥尔赞”及“美尔巴”出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了三座巨大的石像。其中两座巨像被怪兽摧毁了。在这紧要关头，有着超古代人遗传因子，属于地球和平联合特搜队(TPC) GUTS分队的大古队员全身被光所包围，并融身于剩下的一座巨像内——迪迦奥特曼在“现代”复活了! 这部动画是为了纪念“奥特曼”诞生30周年而拍的新作。在这部作品中，迪迦和以往的“奥特曼”不同，为了对付强敌，可进行三种变身。此外，和“迪迦”一起担负保卫地球任务的 GUTS队员们，人人个性鲜明，个个生动形象，这也是本作品的魅力之一。

Super GUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Super GUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士。普罗米修斯号是靠人类的思考数据来模拟人的行为进行战斗的，为了获取数据，她希望能把Super GUTS队员的战斗经验移植给普罗米修斯号。飞鸟信作为第一个数据移植者，在移植过程中失去了意识。此时，谜一样的UFO入侵了克利欧莫斯岛。敌人击退了Super GUTS的攻击，并将普罗米修斯号改造成了电脑魔神戴斯非萨……

奥特曼在普通人眼中是高大的巨人，就如同神一般的存在，可是他们对于自己的种族，自己的星球来说也只不过是一个普通人。超进化给他们带来了完善的生命形态，同时也使他们背负起了沉重的历史责任，在这种历史责任感驱使下，光之巨人的足迹遍步宇宙，而其中有这么几位巨人，他们来到了我们所在的地球，邂逅了宇宙中最奇妙也是最难以捉摸的生命体人类。