本作作为《图书馆战争》系列最终章的剧场版作品，将以一场撼动日本的恐怖攻击为开头，正在约会中的主角笠原郁与堂上笃收到了紧急召集命令，要去担任小说家当麻藏人的贴身护卫。然而在图书队与净化机关的冲突之中，堂上受到了重伤，而接下堂上委托任务的郁，是否能够保护当麻、同时捍卫自由呢？

故事从郁作为新入的图书馆员而刻苦接受训练开始。在中学时代，她的田径方面就是强项，虽然是女孩子，却取得了不输给男生的成绩。也因此，现在的教官堂上对她也分外严厉。郁对于教官就只想象小狗一样咬上他一口。其实郁想进的部门是很少有女子队员的防卫员。不过，竟然被分配到了连防卫员也很憧憬的图书特殊部队。为什么？ 　　同时被分入这个特殊部队的还有同期中成绩最优秀的手冢，教官堂上，小牧、玄田等人。这个队伍围绕着郁，展开了一系列打打闹闹的行动。不过，到底会发生些什么呢？