虎杖悠仁是一位体育万能的高中生，某天他为了从“咒物”危机中解救学姐，而吞下了被诅咒的手指“两面宿傩之指”，成为了咒术之王的“宿傩”寄宿体，被迫加入了专门培养咒术师的学校。在学校里，悠仁成为了“最强咒术师”五条悟的弟子，并与禅院家的继承人伏黑惠、钉崎野蔷薇成为了学校里的一年级新生，而此时突然出现“特级咒物”打乱了所有的学习计划……新的人际关系，满是“咒物”的新世界，最强的咒术师与咒物军团的战斗就此展开。

天神星的危机尚未解除，新的威胁却又紧接而来… 大天神众人被龙牙兵层层包围之际，在魔化器的催生之下，恶狗将军降世了！ 靠着恶狗将军压倒性的黑暗力量，不但天神星众人都被邪恶势力给制服，更糟的是，魔化器将大天神为首的众人都加以复制出了邪恶的版本。

北关东某所·眉难市……眉难高中的“地球防卫部”，由于偶然的事件而Love Making（变身）成为Battle Lovers，并与征服部陆续派出的怪人战斗。Battle Lovers的活动已有半年。因宇宙电视台播放的节目的缘故，才会和征服部展开战斗的事实得到证实，和解的防卫部和征服部齐心协力，将身为黑幕的节目导演打倒，事情平安地结束了。这样一来便没有战斗了呢！就在他们准备尽情享受高中生活，一如既往地泡在黑玉汤的热水中时……

在天神星上，恶狗将军横扫一切，整个天神星没有人是他的对手。然而，轻易得来的胜利反而让他倍感失落，于是，他决定前往地球寻求挑战。星猫和他的12星座小伙伴们挺身而出，化解了危机。

战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时，战舰受到EVA的袭击，陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。