在正篇中讲述五个童年玩伴曾经在小的时候组成了一个的小组织“Little Busters”，长大后升入高中的他们为了享受最后的高中生活，组建了一支棒球队名字依然像小时候一样叫作“Little Busters”，之后棒球队的成员们遇到了各种各样烦恼的故事。本作作为特典动画，剧情分别由二木佳奈多、笹濑川佐佐美、朱鹭户沙耶这三名在正篇剧情中属于配角的女性角色，主要围绕她们各自的故事展开。

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天，“这样的时间能够一直持续就好了”理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们，和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。经历了许多快乐的事情，同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。在最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。然而，这并不是结束，和来谷唯湖之间的故事，理树与铃的故事，以及理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。Little Busters真正的物语，自此开始。

在这样只有男孩子的家庭里，往往伴随着许多大大小小的“战役”。兄弟四人每天都需要坐着校车上学，有一天，西蒙因为辱骂了一个叫芬恩的男孩子，遭到了芬恩和他的朋友们的报复。西蒙被芬恩打倒在地。而马修身为西蒙的兄弟也加入战争。但很快的,校车司机马上制止了他们，他们的班主任老师也把芬恩带去了办公室谈话。芬恩自然不会善罢甘休，在接下来的日子里，芬恩开始对马修展开了各种报复行为，比如抢走马修弟弟的饼干，抢走马修做的鸡蛋。最终马修决定以彼之道还之彼身。然而直到这时，马修才得知，芬恩的家庭其实并不幸福。二人在互相了解之后，最终和解。

美国曾经有“家族世仇”的传统，马凯和康菲尔就是两个世代仇杀不止的家族，1810年，约翰·马凯与詹姆斯·康菲尔在雨夜中交火，双双身亡。约翰的遗孀为了让儿子摆脱世仇，带幼子远赴纽约生活，而詹姆斯的父亲则发誓将两个孙子养大以后报仇。二十年后，威利·马凯长大成人，他要赶回老家继承父亲的遗产，在经历了一场缓慢又状况百出的火车旅行之后，威利与同行的姑娘维吉妮亚结为朋友。到达目的地的威利拜访维吉妮亚家，而这位姑娘居然是康菲尔一家的小女儿，维吉妮亚的两个哥哥在知晓威利身份以后要加害他，但是“待客之道”的传统让他们不能在家中下手，于是威利赖在康菲尔家中以求自保……

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天，“这样的时间能够一直持续就好了”理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们，和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。经历了许多快乐的事情，同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。在最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。然而，这并不是结束，和来谷唯湖之间的故事，理树与铃的故事，以及理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。Little Busters真正的物语，自此开始。