明朝的安全机构"神侯府"与"六扇门"之间为破同一件大案,斗智斗勇但最后齐心协力侦破案件的故事.

影片讲述了一代名将戚继光南征倭寇还沿海太平的传奇故事，明中期嘉靖年间，地方官府腐败、明兵军心不整，倭寇趁虚而入，屡次进犯东南沿海。正值内忧外患之际，戚继光（赵文卓 饰）临危受命，与俞大猷（洪金宝 饰）自行招募三千义乌村民，在短短数日之内，以严明军纪、非常手段操练新兵，以先进武器 、精绝阵法武装部队，成为史上首支“特种部队”、闻名中外的“戚家军”。

承接《四大名捕2》，无情（刘亦菲 饰）离开后，冷血（邓超 饰）为追查捕神死因回到六扇门，“四大名捕”分崩离析，名存实亡。此时，皇宫却出大乱。不愿被困皇宫的宋徽宗（苏有朋 饰）执意微服出访，却遭刺杀，而后皇帝失踪。冷血、铁手（邹兆龙 饰）、追命（郑中基 饰）联手追查，无情冷眼旁观、伺机复仇，一个潜藏已久的惊天阴谋即将彻底浮现，武功盖世的幕后黑手也行将出手，“四大名捕”将迎来生死之决、终极一战。

周星星（周星驰 饰）是飞虎队队长，奉命以卧底的身份到圣育强中学寻找警司于参观时被窃的配枪。周星星就算百般无奈还是接受了任务。他很快适应了学校的生活，功夫高强的他也受到了学校众多学生的拥戴，周星星也顺势调查失枪案件。警队的另一位卧底曹达华（吴孟达 饰）也参与了这个案件，最后也与同学一起合力，帮助周星星破获一踪大型军火贩卖案件。

周星星（周星驰 饰）圆满完成了校园任务后，以为可以升职，偏偏被调为交通警察。跟他一样立功的曹达华（吴孟达 饰）则继续以卧底的身份在学校内调查国际恐怖组织的案件。他的事业跌倒的低估，就连准备婚礼的钱都是女友阿敏（张敏 饰）的私己钱，令阿星十分无奈。为了证明自己的能力，他决定以个人的身份到学校协助曹达华，恐怖分子如期行动，双方开始奋战。