经历二十多年业界风云变幻而历久弥新的超强势《精灵宝可梦》系列在全世界拥有无数狂热的爱好者。XY2作为二十多年间从不间断的宝可梦TV动画最新作品，将在这个季度与宝可梦粉丝们准时相约踏上新的旅程。

在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。 另一方面，在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。一场围绕‘拉普拉斯之盒’的战争开始了。该段历史也被称为拉普拉斯之乱。拉普拉斯之盒内藏足以颠覆地球联邦的终极秘密，是毕斯特财团的发家之源。

心中怀着新的理想告别了同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯，在卡洛斯与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉和新的宝可梦相遇。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。

100年前，沙漠之都——迪塞尔市因为神奇宝贝之间的战斗而遭受严重破坏。那场战斗的起因是由于一只神奇宝贝的存在。在这只神奇宝贝后来被某人封印了，现在的城市也找回了曾经的平静…… 在小智与皮卡丘一行人的旅途中，他们遇到了幻之神奇宝贝胡帕，以及胡帕的持有者——麦雅丽。喜欢恶作剧的胡帕用不可思议的圆环取出最喜欢的甜甜圈以及各种东西让大家大吃一惊，并且乐在其中。很快，天真无邪的胡帕与小智一行人成为要好的伙伴并一起踏上了旅途。

以袭击情报屋的凶刃为余波，新的骚动产生了下去。从“Dollars”和“蓝色平方”得到力量的两名少年，怀抱着理想在肃清的道路上前进着。抢救好友的挣扎者，逼近偶像的狂气分子，在街道背面暗中展开活动的新势力——。众多的事件与意图相互缠绕，故事进一步向混沌加速——！