著名状师陈梦吉（周星驰 饰）与徒弟何欢（葛民辉 饰）认识了女子水莲花（邱淑贞 饰），师徒两人都对水莲花有意思，刚好水莲花也欣赏陈梦吉的才华。这时陈梦吉的老婆吕忍（莫文蔚 饰）从国外读书归来，遇到了尴尬的场面。当何欢知道了师父的计谋后与陈梦吉反目成仇，独自到香港发展。陈梦吉找到了去香港的机会，却得知了何欢因为谋杀被囚禁，梦吉决定为徒弟打官司。法庭上的陈梦吉态度嚣张，被收监两天，他要求在外国学习法律的妻子帮忙，妻子才告诉他自己学习的是时装设计……

周星星（周星驰 饰）圆满完成了校园任务后，以为可以升职，偏偏被调为交通警察。跟他一样立功的曹达华（吴孟达 饰）则继续以卧底的身份在学校内调查国际恐怖组织的案件。他的事业跌倒的低估，就连准备婚礼的钱都是女友阿敏（张敏 饰）的私己钱，令阿星十分无奈。为了证明自己的能力，他决定以个人的身份到学校协助曹达华，恐怖分子如期行动，双方开始奋战。

一代著名特工凌凌漆（周星驰）长期被上级弃用，沦为卖肉摊主。一具价值连城的恐龙骨架被一个浑身盔甲的金枪客盗去，因为线索少任务危险，凌凌漆又被高层领导委以重任。 凌凌漆依循线索来到香港，与联络人香琴（袁咏仪）碰头，不想香琴处心积虑找机会要将凌凌漆杀死，原来她的另一身份是金枪客派来的杀手，但经历过出生入死的战斗后，香琴与凌凌漆渐生出了真情。而此时，金枪客的真实身份也被曝光，发现自己掉进某个阴谋里的凌凌漆开始奋力与敌手较量。

25岁的阿格拉是一个不安分的人，他被一个不负责任的母亲和缺席的父亲抚养长大，她现在只能在规则的框架之中生活。当她得知她所在的工厂要搬迁到印度时，她决定要继续遵从她的规则……

本季是由几个有趣的小故事组成的，具体是指在这个疯狂的动物城中，观众们所熟知或曾在电影中未被引起重视的大小人物的背景故事以及曾经错综发生在电影之中那些大小事件背后的不为人知的小故事。其中有一个故事就是讲，当初那个被朱迪救下的老鼠大佬家的女儿的事。那天，在她被朱迪从大甜甜圈底下救出前后的时间段里，她到底发生了什么事情呢？原来，在本季中讲述了她办婚礼前，因为要从所有要好的亲戚朋友中选定自己的伴娘，反而和曾经因为误会而失联很久的儿时好友再次有了联系，有些事情是除了当事人，外人永远无法理解的，这恰巧是她们之间那又爱又恨的永不磨灭的闺蜜之间的小故事；既然有婚礼前的小故事，那一定少不了婚礼上发生的事情咯。婚礼上，老鼠大佬将家族移民振兴的故事也娓娓道来，让观众们进一步了解了，小小的老鼠家族是如何在动物城里深得民心后而振兴的，也讲述了与追随他多年的北极熊家族之间的真挚感情和感人的过往。还有一位是观众们都非常熟悉又自带搞笑特质人物的小故事，那就是慢性子闪电在他飙车被朱迪拦下之前，他到底发生了什么呢？一个出乎意料的关于闪电的故事，随即带给喜爱他的观众们。